1、协议部分条款无效并不会导致整个协议无效。民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，违背公序良俗的民事法律行为无效。
2、法律依据：《中华人民共和国民法典》
第一百五十三条，反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。
第一百五十六条，事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。