退还建设工程质保金的方式如下：一般在工程竣工验收合格后一至两年退还。工程质保金是合同双方约定从应付合同价款中预留的，当标的物出现质量问题需要进行修理时用于支付修理费用的资金，比例不得高于工程价款结算总额的3%。