认罪认罚不起诉会有案底。只要构成犯罪就会留下案底。
有没有案底取决于是否构成犯罪，而不是嫌疑人是否认罪认罚，认罪认罚只是可能会对量刑产生影响，嫌疑人认罪认罚的可以依法从宽处理。
【法律依据】
《刑事诉讼法》第一百七十四条，犯罪嫌疑人自愿认罪，同意量刑建议和程序适用的，应当在辩护人或者值班律师在场的情况下签署认罪认罚具结书。