熟人强奸案证据不足的处理方法如下：
1、公安机关在侦查阶段证据不足的，可以依法进行补充侦查；
2、检察机关收到公安机关移送的材料后，认为故意伤害案件证据不足的，可以责令公安机关补充侦查，补充侦查后证据仍然不足的，可以作出不起诉的决定；
3、人民法院审理刑事案件后，如果证据不足的，可以宣告被告人无罪，并且当庭释放被告人。