隐形股东维护利益的方法有：

1、通过在合作伊始，详细约定各股东之间的权利和义务在《合作协议》中。

实际出资人(即隐名股东)与代持人订立合同，明确约定由实际出资人出资并享有投资权益，代持人仅为名义股东，需要体现双方代持股权之合意。

日后一旦出现不认账，或者纠纷，可以持着该《合作协议》向人民法院起诉，要求行使自己的股东权利;

或按照《合作协议》的约定履行各方权利和义务。建议委托律师起草有关协议，最大限度保护你的利益。

2、准备能说明实际出资情况的书面证据，包括出资额及出资日期等项目。

隐名股东履行出资义务后，其投资权益即受法律保护，名义股东不能以公司股东名册记载或工商登记为由，否认隐名股东的权利。

【法律依据】《公司法》第四条：公司股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。