处理村委占用征地补偿款的方法是：注意保留房屋、土地的证件，做好证据保全工作，及时的录音拍照录像以便维权；经当事人申请可由政府管理部门裁决，裁决后仍不满意的可以向法院提起行政复议或者提起行政诉讼。