1、被告公司注销的处理办法是，如果原被告在诉讼中有达成调解协议或有生效判决的，按上述文书的规定处理；如果未达成任何协议，即注销的，原告可以起诉其清算组的成员。
2、公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。