司法机关对被采取强制措施超过法定期限的处理有三种办法：
一是对于犯罪嫌疑人、被告人在押的应当予以释放；
二是对于取保候审超过十二个月或者监视居住超过六个月的，应当解除取保候审、监视居住；
三是变更强制措施，如对被羁押犯罪嫌疑人、被告人解除羁押，改为采取取保候审。