红本和绿本房产证在法律效应、市场流通以及产权性质上存在差异。
1.从法律效应和上市流通情况来看，绿本房产证五年内不得转让、出售或者在银行抵押贷款，说明房主不具备房产再分配权利，而红本房产证在法律合理的情况下，可以对房屋进行变卖，抵押以及贷款等再分配。
2.从产权性质上看，绿本房产证是房地产权共有证，主要针对于经济房、福利房等政策性用的房产证明，而红本房产证代表购房者同时拥有房产所有权和土地所有权，多用于正规商品房的证明。