刑罚配置的原则是指立法机关进行立法活动必须遵循的准则。它反映了立法者选择刑罚种类和设定刑罚幅度的观念和理性认识。从一般立法原则与刑法立法实际相结合的角度看，刑罚配置应当坚持体现犯罪危害程度的原则、等级设置合理的原则、体现刑事政策的原则。
一、医疗事故罪刑罚配置的要求
（一）遵循过失犯罪刑事责任的要求
医疗事故罪作为过失犯罪，在具体配置刑罚时要实现以下要求：
（1）过失犯罪刑事责任应当比故意犯罪轻。这在大陆法系国家已成通例。因为“与故意犯罪相比，过失犯罪行为的不法内容和责任内容较轻”。过失犯罪作为被追究刑事责任，是主观主义时代的产物。在某些情况下，过失犯罪的社会危害性并不比故意犯罪小。但在主客观相统一的中国刑法理论上，应当承认，过失犯罪的人身危险性比故意犯罪要小。医疗事故罪作为过失犯罪的一种，在刑罚的设定上，应该设定比故意犯罪（如故意伤害罪、故意杀人罪）的刑罚要轻。
（2）过失犯罪的刑事责任应当针对过失的形态有所区分。过失犯罪作为在犯罪归责的层面上考虑，应当根据刑法责难的重点不同而有所区别。在一般过失犯罪的场合，刑法尽管也责难行为人的主观，但重点在于责难其所造成的客观后果。这也就是为什么过失犯罪以结果定罪的原因。而在业务过失中，除了责难行为人的客观外，重点在于责难其主观的渎职性。
（3）强化防范过失犯罪的特殊刑种。过失犯罪由于其在犯罪发生机制上是由规章的规定性被违背而被确定的，因此需要对防止继续违章作出规定。这方面，资格刑的选择是必需的。
（二）遵循业务过失犯罪的特点和规律
业务过失犯罪属于广义职务犯罪的一种，它具有以下特点：
（1）犯罪主体是从事业务活动的人，他们负有业务上要求的比普通人更高的特殊注意义务。当行为人没有尽到应尽的注意和谨慎义务导致了危害结果发生时，其“对结果持不注意或不充分注意的心态”，就应当承担与这种较高的注意义务相适应的较大的刑事责任；
（2）业务过失的行为人作为具有专业技能和特种技术的人，他们对危害结果的发生具有超过一般人的预见能力和避免能力，但由于行为人严重不负责任违反规章制度最终还是造成了危害结果的发生，其主观的可责性显然要比普通过失犯罪大；
（3）业务过失常常发生在生产、作业等过程中，通常意义上其实际的危害结果也较普通过失严重，往往包括人员的伤亡、财产的巨大损失和公共安全的严重破坏，且涉及面广、影响恶劣；
（4）在现实生活中，业务过失犯罪的发案率也比普通过失犯罪要高。“各国的统计资料表明，普通过失在过失犯罪总数中的比重有逐渐缩小的趋势。而业务过失则呈现出继续增长，并在数量上超过普通过失的势头”。可见从遏制犯罪的角度，也应加强对业务过失犯罪的打击力度，在法定最高刑的配置上至少不能低于普通过失犯罪。
（三）遵循法条竞合的基本原则
法条竞合是指“一个行为同时符合数个法条规定的犯罪构成，但从数个法条之间的逻辑关系看，只能适用其中一个法条，当然排除适用其他法条的情况”。这与大陆法系国家刑法理论的观点是基本一致的。如日本学者认为，“有一个行为外观上似乎符合数个构成要件，但实际上适用其中一个构成要件，排除其他构成要件的适用的情况。”所不同的是，在我国刑法中，法条竞合没有被作为一罪的类型，而在大陆法系刑法理论上被作为是一罪的类型，被归入“本来的一罪”中。
医疗事故罪作为独立于一般过失（致人死伤）的犯罪，其与过失致人重伤、过失致人死亡等犯罪存在着某种关联。这种关联性在日本刑法理论上分为特别关系、补充关系、吸收关系、择一关系四种，在德国刑法中分为特别关系、补充关系、吸收关系三种。
法条竞合是对特别关系的处置方式，就是对多个构成要件处于一般与特别的逻辑关系中，特别法视角中的构成要件被一般法视角中的构成要件包含了。在处罚适用上，采用“特别法优于一般法的原则”。这种特别关系存在于普通法律和特别法律之间，也存在于同一法律中的普通条文与特别条文之间。医疗事故罪当与一般的责任事故相竞合，或者与过失致人重伤、过失致人死亡相竞合时，就属于这后一种情况。
二、医疗事故罪刑罚配置的缺陷
我国《刑法》第335条规定，“医务人员由于严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的，处三年以下有期徒刑或者拘役”。解读本条可知，医疗事故罪的主体是医务人员，客观上具有严重不负责任，并造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为，主观方面是过失，侵犯的是患者的人身权利。
这一规定具有两个特点：
第一，它与概括性的事故犯罪不同。我国1979年和1997年刑法都规定了概括的重大责任事故罪。《刑法修正案（六）》将其分解为“生产、作业重大事故罪”和“强令违章冒险作业罪”。即“在生产、作业中违反有关安全管理的规定，因而发生重大伤亡事故或者造成其他严重后果的，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。”“强令他人违章冒险作业，因而发生重大伤亡事故或者造成其他严重后果的，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节特别恶劣的，处五年以上有期徒刑。”这里将强令他人违章冒险的情形从一般责任事故中独立出来，规定了最高为15年的法定刑。
第二，它与普通过失犯罪的过失致人重伤、过失致人死亡等罪不同。我国《刑法》第235条规定，“过失伤害他人致人重伤的，处三年以下有期徒刑或者拘役。本法另有规定的，依照规定。”第233条规定，“过失致人死亡的，处三年以上七年以下有期徒刑；情节较轻的，处三年以下有期徒刑。本法另有规定的，依照规定。”这里的“另有规定”，就是包括“医疗事故罪”这样的罪名。但比较而言，医疗事故的法定最高刑与一般过失致人重伤罪相同，比一般过失致人死亡罪轻，并没有体现出它作为特别规定的要求。
从前述对医疗事故罪刑罚配置现状的分析可看出，其存在如下缺陷：
1.刑罚设置单调，只安排了两个刑种
刑种是指刑法所规定的适用于具体犯罪的刑罚种类。在我国现行刑罚体系中，主刑有五种，即有管制、拘役、有期徒刑、无期徒刑、死刑；附加刑有三种，即罚金、剥夺政治权利、没收财产。而刑法规定可以适用于医疗事故罪的只有有期徒刑和拘役两种。
而根据2002年9月1日起施行的国务院《医疗事故处理条例》将医疗事故界定为：医疗机构及其医务人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故。并把医疗事故划分为四级十二等。根据通说，医疗事故罪中的“严重损害就诊人身体健康”应理解为一级、二级、三级甲等医疗事故及导致3人以上人身伤害后果的情形。这说明医疗事故罪的危害程度是不同的，有必要针对不同后果设置不同刑罚种类。现行规定只设两个刑种，远不能适应医疗事故责任程度多样性的需要，不利于处理纷繁复杂的医疗事故行为。“同时，对医疗事故犯罪仅仅配置自由刑种，可能并不是一种令人十分满意的方案”。
2.刑罚相对较轻，破坏了刑法条文的内在和谐
第一，医疗事故罪与其他事故犯罪相比，责难因素增加了，量刑幅度反而小了。如重大飞行事故罪、铁路运营安全事故罪、交通肇事罪、危险物品肇事罪、工程重大安全事故罪、教育设施重大安全事故罪、消防责任事故罪、重大环境污染事故罪等。这些罪在客观方面均表现为违反规章制度，与医疗事故罪并无二致。但在法定刑的配置上却存在着很大的差别。医疗事故罪的法定最高刑为3年有期徒刑，而其他责任事任事故罪的法定刑最高为7年、10年、15年的有期徒刑。这使得医疗事故罪最严重的情形也只能在3年以下选择刑期，可选的幅度太小。产生这一差异的原因据说在于立法者充分考虑了医疗行为的特殊性。这种特殊性包括有：医疗活动是由负有特定义务的从事特殊行业的医务人员构成；医疗活动的诊治对象为活的肌体、活的人；医学事业的高科技含量与医疗活动的高风险性；医学未被认知领域的宽度与深度。笔者认为，医疗事故罪是责任事故而不是技术事故，在犯罪构成的要素上已经排除了技术上探索和医疗风险的因素。刑法只惩罚没有严格按医疗规章制度、诊疗护理操作规程行事，对自己的本职工作极不负责任造成严重后果的医务人员。因此，对那些情节非常的恶劣或后果非常严重的案件，最高刑仅为3年有期徒刑，确实有失公平。
第二，不符合国际上所采用的业务过失犯罪从重处罚的原则。对业务过失犯罪，国外立法尽管在罪名独立性的设置上有所不同，有的国家没有将业务过失致伤的行为规定为独立的犯罪，如德国、巴西；有的国家把业务过失独立于一般过失，规定业务过失罪。但无论是独立规定还是概括规定，都采用了较一般过失（或者基本罪）为重的刑罚。如巴西《刑法》第121条第3项规定的一般过失杀人罪，处1年至3年拘役，同条第4项规定过失杀人的情况下，如果是由于违反职业、手艺或工程的技术操作规程，刑罚加重三分之一。而日本《刑法》第211条规定，“懈怠业务上必要注意，因而致人死伤的，处五年以下惩役或者监禁或者50万元以下罚金。”其立法理由“应当认为，刑法典关于业务上过失的规定，是鉴于业务者违反注意义务的程度，在违法性与责任两方面，都比通常人违反注意义务的程度严重，而设立的加重处罚的类型”。[9] 在中国刑法立法将过失犯罪可分为普通过失犯罪和业务过失犯罪的规定后，医疗事故罪属于业务过失犯罪当中一个独立罪名，当属无疑；然而其法定刑的设置却与国际社会的经验立法相背离。
第三，医疗事故罪作为特别法条规定的犯罪，其法定刑最高刑比一般过失犯罪轻，违背了法条竞合的基本要求。刑法理论的一般原理告诉我们，当立法在基本犯罪的基础上有特别规定的时候，特别法的规定往往是基本刑的规定不足以达到惩罚目的才作出的。因为，基本刑往往有最低的下线的，实际适用中足以满足从宽处罚的要求，没有必要设立特别的事故犯罪，之所以要设立特别的事故犯罪，就是为了提高法定刑。因此，当医疗事故罪从一般的事故犯罪和一般的过失犯罪中独立出来后，没有在法定性的设置上体现重处罚是不科学的。
