1、最后J哥把A哥杀了，后来才知道A哥把他女儿保护在一个地方，J的妻子不是被A哥杀的，是被特种部队员杀的，才知道A哥是好人。
2、本作中主角不再是Alex(在本作担任最终Boss;邪恶向)，而换成了一个妻子女儿(女儿并未死)双亡誓要杀死Alex的特种兵——“James Heller”。本作中，Alex将Heller感染，让其拥有自己的吸收能力，并欺骗Heller黑色守望才是幕后主使，是他们杀死Heller的亲人，试图利用Heller的复仇完成自己的邪恶大计。在Heller的劝说下，Heller的”神父“选择帮助Heller复仇从而消灭幕后主使，并与线人“雅典娜”重新建立联系。
3、在吸收科纳克博士(记不太清楚，就是第一个被杀的进化体)后，主角从记忆中发现其实Alex才是幕后主使。从而开始将自己的目标重新转换为Alex。不久”神父“被Alex的进化体手下杀死。亲之如父的”神父 “死亡，深爱之至的妻子女儿的死亡，让Heller的胸腔充满怒火，这时候线人“雅典娜”与Heller联系，让Heller到红区去找她，并且告诉他，他的女儿并没有死。Heller突然联想到自己并未看见女儿的尸体，心中存有希望，赶去红区。
4、赶去红区，找到了线人“雅典娜”，经过一系列交谈，Heller得知黑色守望正在准备“火鹰计划”，企图将整个红区肃清，而如果任其如此，会危及到自己在红区某处的女儿。就这样，Heller破坏了“火鹰计划”。之后Heller便去消灭黑色守望的最高指挥官，但在这过程中，Heller从指挥官与他人的通话中得知，指挥官也有自己的妻室和女儿，这让他联想到自己的遭遇，被爱奴隶而不忍下手，最终选择放过指挥官。之后指挥官为了报Heller的不杀之恩(也有被父爱感动，与Heller产生共鸣的影响)帮助Heller找到他的女儿，并掩盖真相杀死了自己的两个手下。但却没想到简塔克的负责人(暂称戈洛瓦) 成为了Alex的手下，变成进化体并抢先一步劫持了Heller的女儿。亲眼见到女儿被伤害的Heller终于爆发，仰天怒吼。Alex此时的已经注定灭亡。
