2001年9月11日事件发生后，小岛秀夫差点取消《合金装备2》，并从科乐美辞职。

在《合金装备2》的结尾，巨大的潜水堡垒兵工厂在曼哈顿坠毁。多年来公布的一些幕后细节则表明，在“911事件”之后撞向城市的这幕场景被删除了。

在最近接受杂志采访时小岛表示：“游戏主题的描述与“911事件”的众多相似之处使得它不适合在当时发行。在咨询了律师后，最终结果是游戏需要修改300多处。不用说，我们当时处于危机状态，这威胁到了游戏的发行和销售。”

小岛说，他被科乐美董事会召集开会，向他们解释《合金装备2》的故事细节。“每个人的面部表情都像是在说‘情况不妙’。”

当时他也认为“游戏不应该在这个时候发布。我别无选择，只能承担责任，从公司辞职。”有两个人改变了小岛的想法。其中一位是时任索尼电脑娱乐公司总裁，他告诉他:“这不是你应该感到羞耻的事情。你应该继续发行游戏。”

小岛还通过电子邮件联系了科乐美创始人。他回答说:“我已经下定决心了。游戏应该发行。你是怎么想的？”我被这句话打动了，我也下定了决心。”

虽然游戏的发行“推迟了几个星期”，但《合金装备2》最终于2001年11月发行，并获得了评论界的好评，至今仍受到粉丝的喜爱。

《合金装备2》并不是唯一一款在“911事件”之后经历改变的游戏。《GTA3》改变了自由城的警车，使之不太像真正的纽约警车。《蜘蛛侠2》也被推迟，因为游戏最后一个发生在世界贸易中心的顶部关卡将不得不改变。