1、两者所依据的法律不同

免予刑事处罚所依据的是《刑法》三十七条的规定，而无罪判决所依据的是《刑事诉讼法》第一百六十二条的规定。

2、两者的所适用的条件不同

《刑法》第三十七条，免予刑事处罚要符合两个条件：一是犯罪情节轻微，二是不需要判处刑罚。只有当两个条件同时符合时，才能适用免予刑事处罚。

《刑事诉讼法》第一百六十二条规定：

(一)案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决;

(二)依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决;

(三)证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

即当法律规定为无罪的和证据不足的应当作无罪判决。

3、两者的法律后果不同

“免予刑事处罚”是人民法院认定某种行为构成犯罪，但因犯罪情节轻微，而判决免予刑罚的一种处罚。免于刑事处罚仍构成刑事犯罪，会保留案底。