合法，分公司是隶属于总公司的，是总公司的一部分，不是独立的法人单位，可以签订相关协议或者合同来进行处理和认定，但该协议不是我们日常所说的平等主体之间的协议，总公司与分公司之间有隶属关系，如有纠纷，法院是不受理的。公司法第31条“分公司不具有企业法人资格，其民事责任由公司承担”，但在司法实践中，第三人选择由分公司承担或公司承担或分公司与公司共同承担。因为分公司(非法人组织)具有一定的团体财产，构成一定的责任能力，但其财产并不完全独立，其责任能力不完整，故一般由其上级法人承担补充责任。