实行综合计算工时工作制员工实行计件工资制，其超过综合计算周期的总的法定工作时间的部分，要按计件单价工资的150%支付工资报酬。法定休假日安排职工工作的，按300%支付职工工资报酬。对于实行综合计算工时工作制员工，采取集中工作、集中休息、轮休调休等方式，以确保职工的身体健康和生产、工作任务完成。
按劳部发[1994]503号文件规定，可以实行综合计算工时工作制的职工也有三种：
(一)交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工;
(二)地质及资源勘探、建筑、制盐、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工;
(三)其他适合实行综合计算工时工作制的职工。