注册资本印花税率是万分之五。根据《国家税务局关于资金账簿印花税问题的通知》(国税发〔1994〕25号)第一条规定，生产经营单位执行“两则”后，其“记载资金的账簿”印花税的计税依据改为“实收资本”与“资本公积”两项的合计金额。适用税率为万分之五。因此，您企业营业账簿中记载资金的账簿按“实收资本”和“资本公积”两项的合计金额的万分之五计算缴纳印花税。