肇事逃逸自首的情况下，只有交强险是可以赔付的，商业险不进行赔偿。

第一，对于交强险部分，相关法律并未将肇事逃逸归入保险公司的免责事由之内，且《侵权责任法》明确规定，机动车驾驶人发生交通事故后逃逸，该机动车参加强制保险的，由保险公司在机动车强制保险责任限额范围内予以赔偿。

第二，对于商业险部分，在商业第三者责任保险中，交通肇事逃逸的影响只及于事故发生之后，投保人只应对逃逸行为扩大损害的部分负责。保险人以肇事逃逸由为免除自己的全部赔偿责任，违反公平原则、诚实信用原则和保险法的规定，属于无效条款。