加班旷工扣工资的计算方式是扣除当天没有来上班的那天的基本工资。

1、旷工不得克扣员工工资，旷工只能按事假扣工资，也就是说旷工当天没有工资，不能旷一天罚三天等等，类似做法属于违法行为。

2、旷工行为在很多单位属于严重违规违纪行为，可能会被开除，但单位不能扣押员工已上过班的工资。

3、有的单位会用其他方式，如按规章制度规定进行行政处罚，而不是直接克扣工资。

4、对于旷工扣工资的行为，可以先与单位协商解决，协商不成的，可以到单位所在地劳动监察大队去投诉立案处理。