公司股东要撤资，只能是资产溢价，处理方法如下：如果是减资，首先减少实收资本，如果有资本公积-资本溢价，那么剩余部分先冲减原始资本溢价部分，如果还不足弥补，按顺序冲减盈余公积-法定盈余公积、任意盈余公积、未分配利润。