法院对擅自改变武器装备编配用途罪既遂的处罚是行为人实施该犯罪行为的，造成严重后果的，处三年以下有期徒刑或者拘役；如果行为造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑。
【法律依据】
《中华人民共和国刑法》第十四条，明知自己的行为会发生危害社会的结果，并且希望或者放任这种结果发生，因而构成犯罪的，是故意犯罪。
故意犯罪，应当负刑事责任。