1、字形不同。密是上下结构的字，而秘是左右结构。在字形结构上是不一样的。

2、五笔输入方式不同。密字拆字字根为宀、心、丿、山，字根对应的键位是P、N、T、M，五笔编码即为PNTM。秘字拆字字根为禾、心、丿，字根对应的键位是T、N、T，五笔编码即为TNT。五笔输入方式是不一样的。

3、含义不同。密的含义有：亲密（强调关系上的亲近），如：密近（帝王左右亲近信用的人）；密坐（靠近而坐）。秘的含义有：不可测知，不公开，如：秘箓（秘文）；秘法（秘术，秘密的方法）。