| 序号 | 机构名称 | 行政区划 | 机构级别 | 机构等次 |
| 1 | 江苏省人民医院 | 鼓楼区 | 三级 | 甲 |
| 2 | 南京医科大学第二附属医院 | 鼓楼区 | 三级 | 甲 |
| 3 | 东南大学附属中大医院 | 鼓楼区 | 三级 | 甲 |
| 4 | 江苏省老年病医院 | 鼓楼区 | 三级 | 未评 |
| 5 | 南京医科大学附属口腔医院 | 鼓楼区 | 三级 | 甲 |
| 6 | 江苏省妇幼保健院 | 鼓楼区 | 三级 | 甲 |
| 7 | 江苏省肿瘤医院 | 玄武区 | 三级 | 甲 |
| 8 | 江苏省中医院 | 秦淮区 | 三级 | 甲 |
| 9 | 江苏省第二中医院 | 建邺区 | 三级 | 甲 |
| 10 | 江苏省中西医结合医院 | 栖霞区 | 三级 | 甲 |
| 11 | 南京医科大学附属逸夫医院 | 江宁区 | 三级 | 未评 |
| 12 | 中国医学科学院皮肤病医院 | 玄武区 | 三级 | 甲 |
| 13 | 南京鼓楼医院 | 鼓楼区 | 三级 | 甲 |
| 14 | 南京市第一医院 | 秦淮区 | 三级 | 甲 |
| 15 | 南京市第二医院、南京市公共卫生医疗中心 | 鼓楼区 | 三级 | 甲 |
| 江宁区 | ||||
| 16 | 南京市儿童医院 | 鼓楼区 | 三级 | 甲 |
| 17 | 南京市妇幼保健院 | 秦淮区 | 三级 | 甲 |
| 18 | 南京脑科医院 | 鼓楼区 | 三级 | 甲 |
| 19 | 南京市口腔医院 | 玄武区 | 三级 | 甲 |
| 20 | 南京市中医院 | 秦淮区 | 三级 | 甲 |
| 21 | 南京市中西医结合医院 | 玄武区 | 三级 | 甲 |
| 22 | 南京市职业病防治院 | 玄武区 | 参照二级 | 未评 |
| 23 | 南京市中心医院、南京市市级机关医院 | 玄武区 | 三级 | 未评 |
| 25 | 南京明基医院 | 建邺区 | 三级 | 甲 |
| 27 | 南京医科大学眼科医院 | 鼓楼区 | 三级 | 甲 |
