1. 领土争端：中菲领土争端是导致两国关系恶化的主要原因之一。中国和菲律宾在南海拥有部分岛屿和海域主权，但两国在领土划分上存在争议，特别是针对南海的岛屿和海域，两国在主权归属上持不同立场。

2. 美国介入：美国作为亚洲太平洋地区的重要国家，与菲律宾保持着紧密的军事联盟关系。近年来，美国在南海问题上发挥了重要的干预作用，这进一步加深了中菲之间的矛盾和紧张关系。

3. 经济和贸易问题：中菲之间的贸易和经济关系也受到影响。中菲进行的投资和贸易往来在过去几年中遭到了一定的阻碍，并在某些领域受到了政治和民众的抵制，这对两国的贸易和投资合作造成了不良影响。

4. 文化和历史问题：中菲之间的文化和历史问题也是导致两国关系恶化的原因之一。由于历史原因和文化差异，两国人民对彼此存在着深刻的误解和敌意，造成了两国的对立和非议。

5. 各自的国内政治问题：中菲之间的关系也受到各自的国内政治问题所影响，特别是对外政策和国内民意的关系。两国领导人在处理两国关系时，往往需要考虑国内的政治因素，这可能导致政策的保守和对立，而且两国政策相对迥异，也难以调和。