武夷学院与台湾的多所大学和学院建立了良好的教学、科研合作关系，联合开设了多个闽台合作专业，涵盖了艺术、商务、电子信息、餐旅管理等多个领域。其中，较为知名的专业有：

1. 艺术设计类：武夷学院与台湾亚洲大学合作开设的视觉传达设计专业、与台湾东海大学合作开设的多媒体设计专业等。

2. 商务管理类：武夷学院与台湾横滨国际大学合作开设的国际商务管理专业、与台湾大同大学合作开设的企业管理专业等。

3. 电子信息类：武夷学院与台湾嘉南药理大学合作开设的电子信息工程专业等。

4. 餐旅管理类：武夷学院与台湾中华餐旅学院合作开设的餐旅管理专业、与台湾东吴大学合作开设的旅游管理专业等。