1、杀伤力巨大的“生物原子弹”。由于基因武器是“剪”出来的新病毒、新细菌，遗传密码只有设计者才知道，对方很难及时破译并研制出新的疫苗与之对抗。即使更新了疫苗库，仍有源源不断的新的基因武器“整装待发”。研制疫苗的速度必定赶不上“投毒”的速度，这样一明一暗的“较量”，显然对防守的一方极为不利。
2、不动一兵一卒达成军事目的。与传统生物武器一样，基因武器具有体积小、造价低、不破坏非生命物质等特点。使用者不必兴师动众，只要通过人工、飞机、导弹等运载方式将基因武器投放到敌方区域，就能达成军事目的。显然，基因武器具有很多传统生物武器不可比拟的优势。
3、基因武器将起到战略威慑作用。2014年以来，CRISPR基因编辑技术带来了一场科学界的革命。CRISPR系统，简单来说是一种适应性免疫系统，细菌可以利用该系统不动声色地把病毒基因从自己的染色体上切除，这是细菌特有的免疫力。在哺乳动物基因组中，CRISPR系统被发展成了一种高效、简捷的基因编辑技术，像一把万能的基因“剪刀”，能够同时开启或沉默某些基因，实现基因的“批量化”编辑。该技术的发展使基因武器的研发如虎添翼，能够使基因武器靶标人群更精准、更快速，威慑力更大。美国情报机构已把“CRISPR基因编辑技术”列为潜在的大规模杀伤性武器。
