三沙市管辖的三个群岛是西沙群岛、南沙群岛和中沙群岛。其中，西沙群岛包括大东沙、南沙、爱国岛、永兴岛、中建岛、西岛、南礁、戚楚岛、永兴暗沙、九曲暗沙、北海暗沙等18个岛礁；南沙群岛包括南威岛、南中建岛、南查询礁、永暑礁、美济礁、赤瓜礁、东门礁、中业岛和南海永乐岛等55个岛礁；中沙群岛包括中沙岛、永乐岛、南海青洲等22个岛礁。