发酵工程的基本流程如下：

1、菌种液的制备：选用适合生产的菌种，进行菌种的培养和接种，以获得大量的菌种液。

2、发酵罐的配置：根据生产工艺和菌种的要求，选择合适的发酵罐，配置适宜的培养基。

3、发酵罐的灭菌：通过高温高压或化学灭菌，消灭罐内的细菌和微生物，保证发酵过程的无菌。

4、接种：将高浓度的菌种液接种入发酵罐，使其开始快速生长和繁殖。

5、控制发酵条件：通过控制发酵罐内的温度、pH值、氧气供给等条件，为菌体的生长和代谢提供适宜的环境。

6、收割发酵液：在发酵合适的期间，根据需要，通过旋滤或离心等方式，将发酵液分离出。

7、后续处理：根据生产需要，对发酵液进行后续处理，如过滤、浓缩、纯化等，以得到最终的产品。

8、清洗和消毒：发酵罐和其他设备需要经过彻底的清洗和消毒，以确保下一次使用前的净化。