1、将池塘水体表层的铁锈用干稻草绳拉向池塘一角后用三角抄网捞去，可减少池塘中该种藻类的数量，但此种方法清除效果不彻底，裸甲藻过度繁殖的环境条件未改变，之后又会大量繁殖。

2、可在天晴时使用强氯精或者二氧化氯粉剂或者过硫酸氢钾粉剂在养殖水体下风处裸藻聚集的表层油膜处干撒或化水泼浇，将裸甲藻类杀灭。