《公司法》第二十条规定，公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益;不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。

公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。

公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。

依据上述规定，损害公司利益的主要是股东滥用股东权利或董事、监事、高级管理人员违法法定义务给公司造成的损失

1、法定代表人利用职务便利占用公司资产。有的公司法定代表人同时兼任公司股东的法定代表人。在经营过程中，该法定代表人利用同时控制两家公司的职务便利，将公司对外应收款项解入股东账户名下。为此，公司以该法定代表人占用公司款项、损害公司利益为由提起诉讼。

2、公司高级管理人员利用职务便利成立同业竞争公司。部分公司高级管理人员注册成立与其任职公司形成同业竞争的新公司，并利用其掌握公司印章等职务便利，将任职公司作为新公司的股东之一予以登记，以便利用任职公司商誉等开展业务。任职公司遂以高管侵害公司权益并违反竞业禁止规定为由提起诉讼。

3、公司固定资产出资不明致其出售所得归属产生争议。部分公司董事擅自将公司出售固定资产所得作为应收款归还公司股东。公司认为固定资产系股东的出资，出售所得款项应属公司所有，公司董事的行为属于挪用公司财产;该公司董事则认为股东并未以固定资产进行出资，只是借给公司使用，因此出售所得属于股东财产。

4、公司股东之间达成保证固定回报协议被诉侵害公司财产。在公司只有两名股东的情况下，一名股东承诺放弃公司经营权，以此换取另一名全权负责公司经营的股东以公司财产每年向其支付固定的收益回报。之后，该公司股权全部转让，新股东认为上述协议属于保证固定回报型保底条款，依法应属无效，故起诉要求原股东返还公司财产。

5、公司法定代表人履职不当损害公司利益。有的公司法定代表人与其他股东产生矛盾后，拒绝配合公司年检，并阻碍公司决议产生新任法定代表人，导致公司错失年检而被行政机关处罚。公司认为该法定代表人的行为损害了公司利益，起诉要求其赔偿损失。

总的来说，法定代表人利用职务便利侵占公司资产、部分公司的法定代表人兼任公司股东的法定代表人、在经营过程中，法定代表人利用其同时控制两家公司的地位，将公司对外应收款项划入股东账户等行为都会损害公司利益的，为此，相关人员应该会受到相关的惩罚。