1、大多数菌种的保藏温度以5℃为好，像厌氧菌、霍乱弧菌及部分病原真菌等微生物菌种则可以使用37℃培养箱进行保存，而蕈类等大型食用菌的菌种则可以室温直接保存。

2、传代保存时，培养基的浓度不宜过高，营养成分不宜过于丰富，尤其是碳水化合物的浓度应在可能的范围内尽量降低。培养温度通常以稍低于适生长温度为好。若为产酸菌种，则应在培养基中添加少量碳酸钙。