尼亚加拉瀑布水质清澈的主要原因是其水源的纯净度。尼亚加拉河流域位于美国和加拿大边境上，源头是五大湖(密歇根湖、苏必利尔湖、伊利湖、安大略湖和休伦湖)之一的苏必利尔湖。由于该地区高山、原始森林多，人类活动较少，因此这些水源纯净、没有污染，又由于水量大，所以看起来非常清澈。

此外，瀑布本身的流动也有助于保持水质清澈。瀑布的落差非常大，并形成了大量泡沫，这些泡沫切断了水与大气中的接触，减少了水中氧的消耗和其他微生物生长，从而保持了水的清澈度。