1. 生产成本低：与传统的化学合成方法相比，使用发酵工程生产可以大幅度降低生产成本。

2. 环保：发酵过程大部分是自然界中的生物转化，产生的废弃物对环境影响小，不会给环境带来污染。

3. 产品可控性强：发酵工程可以通过控制反应温度、pH值、氧气供应和营养物质等参数，确保所得产品质量稳定，且可控性强。

4. 适应性强：发酵工程适用性广，能够转化各种类型的生物体和基质，因此有着广泛的应用领域。

5. 产品活性高：使用发酵工程生产的产品活性高，其活性成分比较容易被人体吸收和利用，对人体的生物学活动也会产生良好的影响。

6. 经济效益好：由于发酵工程生产的产品质量高、产率高，所以能够获得好的经济效益。