金陵十三钗的结局是玉墨离别了武则天，离开了宫廷回到了故乡。在临行前，玉墨与其他的女子们一起在钦安殿中度过了最后一个夜晚，她们在一起谈论着彼此的未来和感慨着曾经的日子。

玉墨和其他女子们分别时，武则天饯行。她感慨自己身为一代女皇，命运多舛，苦不堪言。最后她拜别玉墨，轻抚她的头发，祝福她在现实中寻得幸福。

玉墨离开后，武则天痛失了一个得力的助手和至交好友，感到孤独和失落。在她晚年，常常回忆起与玉墨等女子的往事，深感生命里最美好的时光就在那个宫殿里度过了。