益生菌发酵乳和酸奶的区别在于发酵过程中所用菌株的不同，益生菌发酵乳使用的菌株更多、更多样化，含有更多的益生菌；而酸奶更注重乳酸菌的发酵和发酵的酸度，其益生菌种类相对较少。因此，从益生菌含量上来说，益生菌发酵乳更有优势。不过，具体哪种更好仍需根据个人口味和需求来选择。