发酵饲料常用的菌种有酵母菌、乳酸菌、放线菌等，不同菌种的作用不同，选择最好的菌种取决于饲料的种类和预期的效果。一般来说，酵母菌可以促进饲料中蛋白质、维生素等营养成分的利用，增加饲料的口感和香味，适合用于发酵粉状饲料。乳酸菌可以降低饲料pH值，抑制有害菌的繁殖，增加饲料中益生菌的含量，适合用于发酵液态饲料。放线菌可产生各种酶类，促进饲料中纤维素的分解和降解，适合用于饲料中粗纤维含量较高的情况。因此，在选择菌种时需要根据饲料的特点和需求进行综合考虑，以达到最好的发酵效果。