常见的发酵饲料菌种包括乳酸菌、酵母菌、糖化菌和厌氧菌等。具体可以根据饲料种类和发酵条件进行选择。以下是几种常见的发酵饲料菌种：

1. 乳酸菌：如酸奶乳酸菌、乳酸杆菌等。可以利用发酵饲料中的糖类进行发酵，产生乳酸，降低pH，促进消化。

2. 酵母菌：如酿酒酵母、酵母菌等。可以利用发酵饲料中的糖类或蛋白质进行发酵，产生酒精和其他活性物质，提高饲料的营养价值。

3. 糖化菌：如枯草芽孢杆菌等。可以利用发酵饲料中的淀粉类进行糖化，将淀粉分解为糖类，提高饲料的可消化性和营养价值。

4. 厌氧菌：如产气荚膜菌等。可以利用发酵饲料中的纤维素等难消化物质进行发酵，产生短链脂肪酸和其他有益物质，缓解消化不良等问题。