发酵工程的基本原理是利用微生物在特定条件下生长繁殖并代谢物质，产生目标产品。通过控制发酵过程中的各种因素，如温度、pH值、氧气气体、搅拌速率、营养物质等，使微生物最大限度的生长和代谢产出合格的产品。发酵工程的成功关键在于掌握微生物的生物学特性，选择适合微生物生长和代谢的发酵策略，保证发酵过程的稳定性和高效产出目标产品。同时，发酵工程也要求符合环保、经济性和可持续性等要求。